2016年1月11日，微信之父张小龙时隔多年的公开亮相，解读了微信的四大价值观。张小龙指出，越来越多产品通过公众号来做，因为这里开发、获取用户和传播成本更低。拆分出来的服务号并没有提供更好的服务，所以微信内部正在研究新的形态，叫「微信小程序」。

2016年9月21日，微信小程序正式开启内测。在微信生态下，触手可及、用完即走的微信小程序引起广泛关注。腾讯云正式上线微信小程序解决方案，提供小程序在云端服务器的技术方案。

2017年1月9日0点，万众瞩目的微信第一批小程序正式低调上线，用户可以体验到各种各样小程序提供的服务。

2017年12月28日，微信更新的 6.6.1 版本开放了小游戏，微信启动页面还重点推荐了小游戏「跳一跳」，你可以通过「小程序」找到已经玩过的小游戏。

2018年1月18日，微信提供了电子化的侵权投诉渠道，用户或者企业可以在微信公众平台以及微信客户端入口进行投诉。
2018年1月25日，微信团队在“微信公众平台”发布公告称，“从移动应用分享至微信的小程序页面，用户访问时支持打开来源应用。同时，为提升用户使用体验，开发者可以设置小程序菜单的颜色风格，并根据业务需求，对小程序菜单外的标题栏区域进行自定义。

2018年3月，微信正式宣布小程序广告组件启动内测，内容还包括第三方可以快速创建并认证小程序、新增小程序插件管理接口和更新基础能力，开发者可以通过小程序来赚取广告收入。 除了公众号文中、朋友圈广告以及公众号底部的广告位都支持小程序落地页投放广告，小程序广告位也可以直达小程序。

2018年7月13日，小程序任务栏功能升级，新增“我的小程序”板块；而小程序原有的“星标”功能升级，可以将喜欢的小程序直接添加到“我的小程序”。
2018年8月10日，微信宣布，小程序后台数据分析及插件功能升级，开发者可查看已添加「我的小程序」的用户数。此外，2018年8月1日至12月31日期间，小程序（含小游戏）流量主的广告收入分成比例优化上调，单日广告流水10-100万区间的部分，开发者可获得的分成由原来流水的30%上调到50%，优质小程序流量主可获得更高收益。

2018年9月28日，微信“功能直达”正式开放，商家与用户的距离可以更“近”一步：用户微信搜一搜功能词，搜索页面将呈现相关服务的小程序，点击搜索结果，可直达小程序相关服务页面。

2019年8月9日，微信向开发者发布新能力公测与更新公告，微信 PC 版新版本中，支持打开聊天中分享的小程序。安装最新PC端测试版微信后，点击聊天中的小程序，便会弹出小程序浮窗。而在小程序右上角的操作选项中，可以进行“最小化”操作，让微信小程序像其他PC软件一样最小化，排列于Windows系统的任务栏中。